ใช้ DAPI dihydrochloride เป็นสารเรืองแสงในการศึกษาเซลล์ โดยเฉพาะในการย้อมนิวเคลียสของเซลล์เพื่อสังเกตภายใต้กล้องจุลทรรศน์แบบฟลูออเรสเซนส์ สารนี้จับกับดีเอ็นเอโดยเฉพาะที่บริเวณฐานคู่ A-T ทำให้เห็นนิวเคลียสชัดเจน นิยมใช้ในงานวิจัยชีววิทยาเซลล์ พันธุศาสตร์ และไมโครไบโอโลยี เช่น การนับจำนวนเซลล์ การตรวจสอบรูปร่างของนิวเคลียส หรือการศึกษาวงจรชีวิตของเซลล์ นอกจากนี้ยังใช้ตรวจหาแบคทีเรียหรือไมโครออร์แกนิซึมอื่น ๆ ในตัวอย่างชีวภาพหรือสิ่งแวดล้อมได้ด้วย