4-Fluorobenzofurazan มักใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านยา สารนี้สามารถทำปฏิกิริยากับสารพวกอะมีนเพื่อสร้างฟลูออเรสเซนต์โปรบ ซึ่งใช้ติดตามหรือตรวจจับโปรตีนและชีวโมเลกุลอื่น ๆ ในระบบชีวภาพ ด้วยคุณสมบัติในการเรืองแสงเมื่อจับกับเป้าหมาย ทำให้มันมีประโยชน์ในงานวิจัยทางชีววิทยาและชีวเคมี เช่น การศึกษาการกระจายตัวของเอนไซม์หรือการติดตามปฏิกิริยาในเซลล์ นอกจากนี้ยังใช้ในพัฒนาเซนเซอร์เคมีที่ไวต่อการเปลี่ยนแปลงของสภาพแวดล้อม เช่น ค่า pH หรือการมีอยู่ของไอออนโลหะบางชนิด