5-Carboxyfluorescein N-succinimidyl ester ใช้อย่างแพร่หลายในงานวิจัยทางชีววิทยาสำหรับการติดฉลากโปรตีน เพปไทด์ และสารชีวโมเลกุลอื่นๆ เช่น แอนติบอดีและกรดนิวคลีอิก มันทำหน้าที่เป็นตัวเครื่องหมายฟลูออเรสเซนต์ในกล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนต์, flow cytometry, และ immunoassays ซึ่งช่วยให้สามารถมองเห็นและติดตามกระบวนการทางเซลล์ได้ กลุ่ม succinimidyl ester ช่วยให้เกิดการจับติดแบบโคเวเลนต์กับ primary amines ทำให้การคอนจูเกชันเสถียรและคงทน โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีประโยชน์ในการศึกษาความอยู่รอดของเซลล์ ความสมบูรณ์ของเมมเบรน และ pH ภายในเซลล์ เนื่องจากมีคุณสมบัติฟลูออเรสเซนต์ที่ sensitive ต่อ pH นอกจากนี้ยังช่วยในการตรวจสอบกิจกรรมของเอนไซม์และปฏิกิริยาระหว่างโปรตีนใน real-time assays รวมถึงการศึกษาปฏิกิริยาระหว่างโมเลกุล การเคลื่อนที่ของเซลล์ และกระบวนการทางชีวภาพในระดับเซลล์และโมเลกุล