5(6)-Nitrofluorescein เป็นสารที่ใช้ในการวิจัยทางวิทยาศาสตร์ โดยเฉพาะในด้านชีวเคมีและชีววิทยาโมเลกุล เนื่องจากมีคุณสมบัติเรืองแสง ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีประโยชน์ในการติดตามและวิเคราะห์กระบวนการทางชีวภาพ ตัวอย่างเช่น ใช้ในการศึกษาเซลล์และการเคลื่อนที่ของสารภายในเซลล์ นอกจากนี้ยังใช้ในการทดสอบทางชีวภาพเพื่อวัดกิจกรรมของเอนไซม์หรือการเปลี่ยนแปลงของ pH ในตัวอย่างทางชีวภาพ 5(6)-Nitrofluorescein จึงเป็นสารสำคัญในห้องปฏิบัติการที่ช่วยให้เข้าใจกลไกทางชีวภาพได้ลึกซึ้งยิ่งขึ้น