ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านการแข็งตัวของเลือด มีบทบาทสำคัญในการเตรียมตัวยับยั้ง factor Xa ซึ่งใช้รักษาความผิดปกติทางหลอดเลือดอุดตัน เช่น หลอดเลือดดำลึกอุดตันและปอดอุดกั้น โครงสร้างฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมในยาสุดท้าย นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยเพื่อออกแบบโมเลกุลชีวภาพใหม่ เนื่องจากช่วยปรับปรุงคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์