ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในเภสัชกรรมและสารเคมีเกษตร หมู่อัลไคน์ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาคัปปลิง เช่น Sonogashira หรือ click chemistry เพื่อสร้างโครงสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน กลุ่มเอสเตอร์อำนวยความสะดวกในการแปลงต่อไป เช่น การไฮโดรไลซิสหรือรีดักชัน ทำให้มีคุณค่าในสังเคราะห์หลายขั้นตอน ใช้บ่อยในการพัฒนาโมเลกุลชีวภาพที่ใช้งานได้ โดยที่กลุ่มไซโคลโพรเพลและอัลไคน์ช่วยในการจับเป้าหมายหรือความเสถียรทางเมแทบอลิซึม