ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการผลิตส่วนประกอบยาที่มีฟลูออรีน (APIs) ซึ่งกลุ่ม trifluoromethyl ช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพ ฟังก์ชันเอสเตอร์ของมันช่วยให้สามารถแปลงเป็นกรด แอลกอฮอล์ หรืออะไมด์ได้ง่าย ทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษาโรคสำหรับการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมเกษตรเคมีในการพัฒนายาฆ่าหญ้าและยาฆ่าแมลง โดยใช้ประโยชน์จากอะตอมฟลูออรีนเพื่อปรับปรุง lipophilicity และความคงตัวต่อสิ่งแวดล้อม ใช้กันทั่วไปในห้องปฏิบัติการวิจัยสำหรับการนำโมติฟฟลูออรีนเข้าไปในสารเคมีใหม่ในระหว่างการค้นพบและพัฒนายา