เมทิล 2-อะมิโนไซโคลเฮกซาเนคาร์บ็อกซิเลต ใช้เป็นสารตั้งต้นหลักในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชภัณฑ์ต่างๆ มีบทบาทสำคัญในการผลิตยาที่กำหนดเป้าหมายความผิดปกติทางระบบประสาท เช่น ยากันชักและยาแก้ปวด เนื่องจากคุณสมบัติโครงสร้างที่สามารถปรับแต่งได้อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนาสารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช ซึ่งโครงสร้างวงแหวนไซโคลเฮกซานช่วยเพิ่มความเสถียรและประสิทธิภาพของผลิตภัณฑ์สุดท้าย ในงานวิจัยเคมีอินทรีย์ สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น ช่วยในการศึกษากลไกปฏิกิริยาและการพัฒนาสารเคมีใหม่ๆ ความหลากหลายทำให้มีคุณค่าในทั้งการตั้งอุตสาหกรรมและวิชาการ