แอสพาราจิเนสถูกใช้อย่างกว้างขวางในทางการแพทย์ โดยเฉพาะในการรักษาโรคมะเร็งเม็ดเลือดขาวชนิดเฉียบพลัน (Acute Lymphoblastic Leukemia - ALL) เนื่องจากมีความสามารถในการยับยั้งการเจริญเติบโตของเซลล์มะเร็งโดยการลดปริมาณแอสพาราจีน ซึ่งเป็นสารอาหารที่จำเป็นสำหรับเซลล์มะเร็ง นอกจากนี้ยังมีการใช้ในการรักษาโรคมะเร็งอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องกับการพึ่งพาแอสพาราจีนของเซลล์มะเร็งด้วย ในอุตสาหกรรมอาหาร แอสพาราจิเนสถูกใช้เพื่อลดระดับแอสพาราจีนในผลิตภัณฑ์อาหาร เช่น มันฝรั่งทอด เพื่อลดการก่อตัวของสารอะคริลาไมด์ ซึ่งเป็นสารที่อาจก่อให้เกิดมะเร็งในระหว่างกระบวนการทอดหรืออบที่อุณหภูมิสูง