อัลคาไลน์ ฟอสฟาเทสถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในชีววิทยาโมเลกุลสำหรับการกำจัดฟอสเฟตจากดีเอ็นเอ อาร์เอ็นเอ และโปรตีน ซึ่งจำเป็นสำหรับการป้องกันการเชื่อมต่อตัวเองในงานโคลนิง ในด้านการวินิจฉัยทางคลินิก เอนไซม์นี้ทำหน้าที่เป็นเอนไซม์หลักในอิมมูโนแอสเซย์และการทดสอบทางชีวเคมีต่างๆ โดยเฉพาะในการตรวจจับความผิดปกติของตับและกระดูก เอนไซม์นี้ยังถูกใช้ในฮิสโตเคมีเพื่อระบุเนื้อเยื่อและเซลล์เฉพาะโดยการเร่งปฏิกิริยาสี นอกจากนี้ยังมีบทบาทในกระบวนการผลิตทางชีวภาพ เช่น การผลิตแอนติบอดีส์โมโนโคลนอล โดยช่วยในการกำจัดหมู่ฟอสเฟตจากโมเลกุล การประยุกต์ใช้ยังขยายไปถึงการตรวจสอบสิ่งแวดล้อม โดยใช้เป็นตัวบ่งชี้ทางชีวภาพเพื่อประเมินคุณภาพน้ำและสุขภาพดิน