โปรตีเนส K ใช้อย่างแพร่หลายในห้องปฏิบัติการทางชีววิทยาโมเลกุล โดยเฉพาะในการย่อยสลายโปรตีนที่ปนเปื้อนในตัวอย่าง DNA หรือ RNA เพื่อให้ได้กรดนิวคลีอิกที่บริสุทธิ์ นอกจากนี้ยังใช้ในกระบวนการเตรียมตัวอย่างเนื้อเยื่อสำหรับการวิเคราะห์ทางฮิสโตเคมี และช่วยในการสลายเซลล์เพื่อแยกองค์ประกอบภายในเซลล์ ในวงการนิติวิทยาศาสตร์ โปรตีเนส K ถูกนำมาใช้ในการสลายโปรตีนในตัวอย่างเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพของการวิเคราะห์ DNA และยังมีบทบาทสำคัญในงานวิจัยทางชีววิทยา เช่น การศึกษากลไกการตายของเซลล์ (apoptosis) และการวิเคราะห์โครงสร้างโปรตีน