5-Bromo-4-chloro-3-indolyl-phosphate disodium salt ถูกใช้อย่างแพร่หลายในเทคนิคทางชีววิทยาโมเลกุล โดยเฉพาะในการทดสอบทางอิมมูโนวิทยาและทางชีวเคมี เช่น เทคนิค ELISA และ Western blot สารนี้ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำหรับเอนไซม์ alkaline phosphatase เมื่อเกิดปฏิกิริยา hydrolysis จะได้ผลิตภัณฑ์ที่มีสีน้ำเงินหรือม่วง ซึ่งสามารถสังเกตได้ด้วยตาเปล่า ทำให้สามารถใช้ในการตรวจวัดและวิเคราะห์โปรตีนหรือสารอื่นๆ ได้อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในกระบวนการทางวิทยาศาสตร์เพื่อศึกษากลไกการทำงานของเซลล์และโมเลกุลต่างๆ ในระดับโมเลกุล