BRD9539 ใช้หลักๆ ในงานวิจัย โดยเฉพาะในสาขาเคมีชีวภาพและการค้นพบยา โดยทำหน้าที่เป็นตัวยับยั้งที่แรงและเลือกเฉพาะต่อเป้าหมายโปรตีนเฉพาะ ซึ่งมักใช้ในการศึกษากลไกและเส้นทางเซลล์ นักวิจัยนำมาใช้เพื่อตรวจสอบบทบาทของโปรตีนบางชนิดในการดำเนินของโรค เช่น มะเร็งหรือโรคเสื่อมถอยของระบบประสาท คุณสมบัติการยับยั้งทำให้เป็นเครื่องมือที่มีค่าต่อการตรวจสอบเป้าหมายยาและการเข้าใจการทำงานทางชีวภาพของโปรตีนทั้งในหลอดทดลองและในร่างกาย นอกจากนี้ BRD9539 ยังใช้ในแอสเซย์คัดกรองความเร็วสูงเพื่อระบุสารประกอบบำบัดที่เป็นไปได้ ซึ่งช่วยในการพัฒนาการรักษาใหม่ การประยุกต์ใช้ดังกล่าวมีความสำคัญต่อการเพิ่มความเข้าใจในปฏิสัมพันธ์โมเลกุลและการออกแบบการบำบัดแบบกำหนดเป้าหมาย