A-366 ถูกใช้หลักๆ ในการวิจัยทางชีวเคมีในฐานะตัวยับยั้งแบบเลือกสรรของเอนไซม์ G9a histone methyltransferase เอนไซม์นี้มีบทบาทสำคัญในการเมทิลเลชันของ histone H3 ซึ่งเกี่ยวข้องกับการควบคุมการแสดงออกของยีน โดยการยับยั้ง G9a, A-366 ช่วยให้นักวิจัยศึกษาผลกระทบของการเมทิลเลชัน histone ต่อโครงสร้างโครมาตินและการปิดยีน (gene silencing) มันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการวิจัยมะเร็ง ซึ่งมักพบรูปแบบการเมทิลเลชัน histone ที่ผิดปกติ ให้ข้อมูลเชิงลึกสู่เป้าหมายการรักษาที่เป็นไปได้ นอกจากนี้ A-366 ยังใช้ในการศึกษาด้าน epigenetics เพื่อสำรวจผลกระทบต่อการแยกตัวของเซลล์และกระบวนการพัฒนา