สารยับยั้งปาเปนถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในงานวิจัยทางชีววิทยาและเภสัชวิทยา เพื่อศึกษากลไกการทำงานของเอนไซม์ปาเปน ซึ่งเป็นเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับการย่อยโปรตีน ในห้องปฏิบัติการ สารนี้ช่วยในการควบคุมการทำงานของปาเปน ทำให้สามารถวิเคราะห์บทบาทของเอนไซม์นี้ในกระบวนการทางชีวภาพต่าง ๆ ได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในการพัฒนายาเพื่อรักษาโรคที่เกี่ยวข้องกับการทำงานผิดปกติของเอนไซม์ เช่น โรคข้ออักเสบ และโรคทางระบบทางเดินอาหาร การศึกษาสารยับยั้งปาเปนยังช่วยในการออกแบบสารยับยั้งเฉพาะเจาะจงสำหรับเอนไซม์อื่น ๆ ที่มีโครงสร้างคล้ายคลึงกัน ซึ่งเป็นประโยชน์ในการพัฒนายาใหม่ ๆ ในอนาคต