N-phosphonacetyl-L-aspartate ถูกนำมาใช้ในการวิจัยทางการแพทย์และชีวเคมี โดยเฉพาะในการศึกษากลไกการทำงานของเอนไซม์ aspartate transcarbamylase (ATCase) ซึ่งมีบทบาทสำคัญในกระบวนการสังเคราะห์ pyrimidine ในเซลล์ สารนี้เป็นสารยับยั้งที่ทรงพลังของ ATCase จึงถูกใช้เป็นเครื่องมือในการทำความเข้าใจปฏิกิริยาทางชีวเคมีและควบคุมการผลิตนิวคลีโอไทด์ นอกจากนี้ยังมีการศึกษาการนำสารนี้ไปใช้ในการรักษาโรคมะเร็ง เนื่องจากสามารถยับยั้งการเจริญเติบโตของเซลล์มะเร็งโดยการขัดขวางการสังเคราะห์ DNA และ RNA