Concanamycin C ถูกใช้หลักในการวิจัยทางชีวเคมีในฐานะตัวยับยั้ง V-ATPase (vacuolar-type ATPases) ที่มีประสิทธิภาพสูงและจำเพาะเจาะจง เอนไซม์เหล่านี้มีบทบาทสำคัญในการทำให้ช่องว่างภายในเซลล์เป็นกรด เช่น ไลโซโซมและเอนโดโซม ซึ่งจำเป็นสำหรับกระบวนการเซลล์ต่างๆ โดยการยับยั้ง V-ATPase Concanamycin C ช่วยให้นักวิจัยศึกษาผลกระทบของการรบกวนการควบคุม pH ในเซลล์ ซึ่งสำคัญสำหรับการทำความเข้าใจกระบวนการเช่น autophagy การย่อยสลายโปรตีน และการขนส่งภายในเซลล์ นอกจากนี้ ยังใช้ในการศึกษาชีววิทยาของมะเร็ง เนื่องจาก V-ATPase มักถูกแสดงออกมากเกินไปในเซลล์มะเร็งและมีส่วนในความก้าวหน้าของเนื้องอกและการดื้อยา Concanamycin C ยังใช้ในจุลชีววิทยาเพื่อตรวจสอบบทบาทของ V-ATPase ในการรอดชีวิตและความรุนแรงของพยาธิ โดยเฉพาะในเชื้อราและแบคทีเรียที่พึ่งพาการรักษาสมดุล pH สำหรับการติดเชื้อ ความจำเพาะและประสิทธิภาพของมันทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าหาสำหรับการแยกแยะบทบาทที่ซับซ้อนของ V-ATPase ในบริบทเซลล์และพยาธิวิทยา