PFM39 ใช้หลักๆ ในงานวิจัยทางวิทยาศาสตร์ โดยเฉพาะในสาขาชีววิทยาระดับโมเลกุลและชีวเคมี เป็นตัวยับยั้งที่แรงและเลือกเฉพาะสำหรับเอนไซม์บางชนิด ทำให้มีคุณค่าต่อการศึกษากลไกการส่งสัญญาณในเซลล์ นักวิจัยใช้ PFM39 เพื่อสำรวจบทบาทของโปรตีนเฉพาะในกระบวนการทางชีวภาพ ช่วยในการทำความเข้าใจกลไกของโรค การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการค้นพบยา ที่ช่วยระบุเป้าหมายบำบัดที่เป็นไปได้โดยการยับยั้งกิจกรรมเอนไซม์ในแบบจำลองทดลอง นอกจากนี้ PFM39 ยังใช้ในการศึกษาด้านเภสัชวิทยาเพื่อประเมินผลกระทบของการยับยั้งเอนไซม์ต่อพฤติกรรมของเซลล์ สนับสนุนการพัฒนาการรักษาใหม่สำหรับภาวะต่างๆ