Ascomycin ใช้หลักในการพัฒนายากดภูมิคุ้มกัน โดยเฉพาะในการป้องกันการปฏิเสธอวัยวะที่ปลูกถ่ายอวัยวะ มันทำงานโดยยับยั้งการกระตุ้นเซลล์ T ผ่านการจับกับ immunophilins จึงยับยั้งการตอบสนองของภูมิคุ้มกัน เนื่องจากกลไกนี้ มันเป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์อนุพันธ์ เช่น pimecrolimus ซึ่งใช้ทาผิวเพื่อรักษาโรคผิวหนังอักเสบ เช่น atopic dermatitis คุณสมบัติต้านการอักเสบที่แรงทำให้มีคุณค่าในการใช้ทางผิวหนังสำหรับจัดการโรคผิวหนังที่เกิดจากภูมิคุ้มกันโดยไม่เกิดผลข้างเคียงที่เกี่ยวข้องกับ corticosteroids นอกจากนี้ ascomycin และอนุพันธ์กำลังถูกวิจัยสำหรับการประยุกต์ใช้ในการรักษาโรคภูมิต้านตนเองและภาวะเสื่อมถอยของระบบประสาท เนื่องจากมีผลปกป้องเซลล์ประสาทและปรับภูมิคุ้มกัน