เมทาเนฟรีนใช้หลักในการวินิจฉัยทางการแพทย์เพื่อช่วยตรวจหาและติดตามภาวะฟีโอโครโมไซโตมา ซึ่งเป็นเนื้องอกหายากของต่อมหมวกไต โดยวัดระดับในปัสสาวะหรือการตรวจเลือดเพื่อประเมินระดับคาเทโคลามีน ซึ่งมักสูงขึ้นในผู้ป่วยที่มีภาวะนี้ การวัดเมทาเนฟรีนอย่างแม่นยำช่วยในการวินิจฉัยเนื้องอกและประเมินประสิทธิภาพของการรักษา นอกจากนี้ยังใช้ในการแยกแยะฟีโอโครโมไซโตมาจากภาวะอื่นที่มีอาการคล้ายกัน เช่น ความวิตกกังวลหรือความดันโลหิตสูง การติดตามระดับเมทาเนฟรีนอย่างสม่ำเสมอมีความสำคัญต่อการจัดการผู้ป่วยที่มีข้อสงสัยหรือยืนยันว่าเป็นเนื้องอกต่อมหมวกไต