อิโทไพรด์ไฮโดรคลอไรด์ใช้ในการรักษาอาการผิดปกติของระบบทางเดินอาหาร โดยเฉพาะอาการอาหารไม่ย่อยที่เกิดจากการเคลื่อนไหวของกระเพาะอาหารและลำไส้ช้า ยานี้ช่วยกระตุ้นการบีบตัวของทางเดินอาหาร ทำให้อาหารเคลื่อนผ่านได้เร็วขึ้นและลดอาการท้องอืด แน่นท้อง คลื่นไส้ และอาเจียน นอกจากนี้ยังใช้ในการรักษาอาการของโรคกระเพาะอาหารอักเสบเรื้อรังและโรคกรดไหลย้อน โดยช่วยปรับปรุงการทำงานของระบบย่อยอาหารให้มีประสิทธิภาพมากขึ้น