ใช้ในงานวิเคราะห์ดีเอ็นเอ โดยเฉพาะในการแยกขนาดของชิ้นดีเอ็นเอผ่านกระบวนการอิเล็กโทรโฟเรซิสบนแผ่นเจล ดีเอ็นเอแลดเดอร์ทำหน้าที่เป็นตัวอ้างอิงขนาด ช่วยให้สามารถเปรียบเทียบและประมาณความยาวของชิ้นดีเอ็นเอตัวอย่างได้อย่างแม่นยำ เหมาะสำหรับการตรวจสอบผลิตภัณฑ์จากการขยายดีเอ็นเอด้วยเทคนิคพีซีอาร์ หรือการวิเคราะห์ยีน รวมถึงใช้ในงานวิจัยทางพันธุศาสตร์และงานตรวจสอบดีเอ็นเอในห้องปฏิบัติการต่างๆ