ใช้ในห้องปฏิบัติการชีววิทยาระดับโมเลกุลเป็นตัวอ้างอิงเพื่อประมาณขนาดของชิ้นส่วนดีเอ็นเอระหว่างการอิเล็กโตรโฟรีซิสบนเจล เมื่อโหลดลงในเจลอะการสหรือโพลีอะคริลาไมด์เคียงข้างตัวอย่าง ดีเอ็นเอแลดเดอร์ให้แถบบนที่ขนาดที่ทราบ ช่วยให้นักวิจัยเปรียบเทียบและกำหนดความยาวโดยประมาณของชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่ไม่ทราบ มีแลดเดอร์ที่แตกต่างกันพร้อมช่วงขนาดที่แตกต่างกัน ทำให้เหมาะสำหรับการใช้งานเช่นการวิเคราะห์ผลิตภัณฑ์ PCR การยืนยันการย่อยด้วยเอนไซม์จำกัด และการประเมินดีเอ็นเอจีโนม ลวดลายแถบที่แตกต่างและปริมาณสีย้อมที่ปรับให้เหมาะสมยังช่วยให้การมองเห็นได้ง่ายภายใต้แสง UV หรือแสงน้ำเงินหลังจากย้อมด้วยสีย้อมที่จับกับดีเอ็นเอเช่น ethidium bromide หรือ SYBR Safe