1,3-Dithiane ถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นกลุ่มป้องกันในสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะสำหรับสารประกอบคาร์บอนิล มันก่อตัวเป็นไทโออะซีทัลแบบวงแหวนที่เสถียรกับอัลดีไฮด์และคีโตน ซึ่งช่วยปกป้องพวกมันจากสภาวะทำปฏิกิริยาในระหว่างการแปลงทางเคมีที่ซับซ้อน คุณสมบัตินี้ทำให้มีคุณค่าในการสังเคราะห์หลายขั้นตอน ซึ่งต้องการการป้องกันและการถอนการป้องกันแบบเลือกสรร

นอกจากนี้ 1,3-Dithiane ยังทำหน้าที่เป็นสารเคมีหลักในปฏิกิริยา Corey-Seebach โดยทำหน้าที่เป็นเทียบเท่า acyl anion ที่ถูกปกปิดไว้ สิ่งนี้ช่วยให้สามารถนำโซ่คาร์บอนหรือกลุ่มฟังก์ชันต่าง ๆ เข้าสู่โมเลกุล ทำให้เป็นเครื่องมือที่หลากหลายในการสร้างโครงสร้างอินทรีย์ที่ซับซ้อน

นอกจากนี้ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์ยา พาราเคมี และผลิตภัณฑ์จากธรรมชาติ ซึ่งความสามารถในการทำให้สารกลางเสถียรและอำนวยความสะดวกในการทำปฏิกิริยาแบบเลือกสรรนั้นมีประโยชน์อย่างยิ่ง ยิ่งไปกว่านั้น สารอนุพันธ์ของ 1,3-Dithiane ยังถูกสำรวจในด้านวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับศักยภาพในการสร้างโพลิเมอร์ที่มีธาตุกำมะถันและวัสดุขั้นสูง