Z-Pro-Pro-OH ถูกใช้ในการศึกษาทางชีวเคมีและเภสัชวิทยา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการวิจัยเกี่ยวกับเอนไซม์และกระบวนการทางชีวภาพที่เกี่ยวข้องกับเปปไทด์ มันมักถูกนำมาใช้เป็นสารตั้งต้นหรือตัวยับยั้งในการทดสอบกิจกรรมของเอนไซม์ protease ซึ่งช่วยในการทำความเข้าใจกลไกการทำงานของเอนไซม์เหล่านี้ นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในการพัฒนายาและการออกแบบเปปไทด์ที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในด้านการรักษาโรคที่เกี่ยวข้องกับระบบเมตาบอลิซึมและภูมิคุ้มกัน