Z-Ala-Pro-OH ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะหน่วยย่อยสำหรับสร้างโครงสร้างเปปไทด์ที่ซับซ้อนมากขึ้น กลุ่มปกป้อง (Z) ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาที่เลือกสรรได้ในกระบวนการสังเคราะห์ ทำให้มีคุณค่าต่อการวิจัยและการพัฒนายา โดยเฉพาะในการศึกษาการโต้ตอบระหว่างเอนไซม์และซับสเตรต และการออกแบบยาที่มีฐานเป็นเปปไทด์ นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการผลิตเปปไทด์ชีวภาพ ซึ่งมี ứng dụngในการรักษาโรคต่าง ๆ รวมถึงโรคหัวใจและหลอดเลือดและโรคเมแทบอลิซึม บทบาทในการเลียนแบบลำดับเปปไทด์ตามธรรมชาติยังช่วยในการทำความเข้าใจการพับตัวของโปรตีนและการทำงาน