H-GLY-ALA-OME HCL ใช้หลัก ๆ ในการสังเคราะห์เปปไทด์เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับสร้างโครงสร้างเปปไทด์ที่ซับซ้อนมากขึ้น มันทำหน้าที่เป็นแบบจำลองไดเปปไทด์ในการวิจัยเพื่อศึกษากลไกการก่อตัวและการตัด linkage เปปไทด์บอนด์ ใช้กันทั่วไปในการศึกษาทางชีวเคมีเพื่อเข้าใจปฏิกิริยาของเอนไซม์และความจำเพาะของซับสเตรต นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนายาและสารรักษาที่มีฐานเป็นเปปไทด์เนื่องจากความเสถียรและความง่ายในการรวมเข้าในโซ่เปปไทด์ที่ใหญ่กว่า ทำหน้าที่เป็นสารอ้างอิงในวิธีวิเคราะห์เช่น HPLC และ mass spectrometry สำหรับการวิเคราะห์เปปไทด์