สารนี้ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่มีความเฉพาะตัวสูง โดยเฉพาะในงานสังเคราะห์สารธรรมชาติหรือสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่ต้องการความบริสุทธิ์และโครงสร้างแบบสเตอริโอเฉพาะตัว โครงสร้างที่มีหมู่เบนซิลออกซีทำให้สามารถใช้เป็นหมู่ป้องกันหมู่ไฮดรอกซีได้ ซึ่งช่วยควบคุมการเกิดปฏิกิริยาในตำแหน่งที่ต้องการได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ โครงสร้างดีออกเซนที่มีหมู่เมธอกซีและไฮดรอกซีสามารถนำไปต่อยอดในการสร้างสารที่มีโครงสร้างซับซ้อน เช่น คาร์โบไฮเดรตหรือสารยับยั้งเอนไซม์ได้ จึงนิยมใช้ในงานวิจัยด้านเคมีอินทรีย์และเภสัชกรรมที่ต้องการสังเคราะห์โมเลกุลขนาดเล็กที่มีศูนย์ไม่สมมาตร