ฟูโร[2,3-d]ไพริมิ�น-4-เอมีน ถูกนำมาใช้หลักๆ ในสาขาเคมีเภสัชและการพัฒนายา มันทำหน้าที่เป็นโครงสร้างหลัก (scaffold) ในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพต่างๆ โดยเฉพาะสารที่มุ่งเป้าไปที่การยับยั้งเอนไซม์ โครงสร้างของมันมักถูกสำรวจเพื่อออกแบบโมเลกุลที่โต้ตอบกับไคเนส ทำให้มีคุณค่าในการพัฒนายาต้านมะเร็ง นอกจากนี้ยังแสดงศักยภาพในการสร้างยาต้านไวรัสและยาต้านการอักเสบ เนื่องจากความสามารถในการปรับเปลี่ยนเส้นทางเซลล์เฉพาะ นักวิจัยยังศึกษาอนุพันธ์ของมันสำหรับศักยภาพในการรักษาความผิดปกติทางระบบประสาท เนื่องจากสามารถมีอิทธิพลต่อระบบสารสื่อประสาท ความหลากหลายในการประยุกต์ใช้ทางยาทำให้เป็นสารประกอบที่สำคัญในการวิจัยเภสัชกรรม