4,6-Dichloro-2-(ethoxy-d5)-pyrimidine ถูกนำมาใช้เป็นสารตั้งต้นหลักในการสังเคราะห์สารประกอบเดยูเทอเรต (deuterated compounds) โดยทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญในการพัฒนายาและสารเคมีเกษตรที่ติดฉลากไอโซโทป การนำเข้าไปในโมเลกุลช่วยให้สามารถศึกษากลไกการเผาผลาญและกลไกการออกฤทธิ์ของยาได้อย่างละเอียดโดยใช้เทคนิคเช่น NMR และ mass spectrometry นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการผลิตสารเคมีพิเศษที่ต้องการการติดฉลากไอโซโทปสำหรับงานวิจัยหรือวัตถุประสงค์ทางกฎระเบียบ