4,6-Dichloro-2-(ethyl-d5)-pyrimidine ถูกนำมาใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่มีความสำคัญในอุตสาหกรรมยา โดยเฉพาะในการผลิตยาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากโครงสร้างของมันสามารถทำหน้าที่เป็นฐานในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนได้ นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาวิจัยทางเคมีและชีวเคมี เพื่อพัฒนายาใหม่ๆ หรือปรับปรุงประสิทธิภาพของยาที่มีอยู่ โดยเฉพาะในด้านการติดตามและวิเคราะห์กระบวนการเมแทบอลิซึมของยาในร่างกาย เนื่องจากอะตอมดิวเทอเรียม (D5) ในโครงสร้างช่วยให้สามารถติดตามโมเลกุลได้อย่างแม่นยำในระบบชีวภาพ นอกจากนี้ยังนำมาใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตรและสารเคมีพิเศษที่ต้องการการติดฉลากไอโซโทปที่เสถียร