ใช้เป็นสารมาตรฐานภายในที่ติดฉลากด้วยไอโซโทปเสถียรในการวิเคราะห์ด้วยสเปกโตรเมตรีมวล (mass spectrometry) และก๊าซโครมาโทกราฟี-สเปกโตรเมตรีมวล (GC-MS) โครงสร้างที่ถูกแทนที่ด้วยดิวเทอเรียมช่วยให้สามารถวัดปริมาณไซโคลเพนทาโนนและสารประกอบที่เกี่ยวข้องได้อย่างแม่นยำในส่วนผสมที่ซับซ้อน โดยลดการรบกวนจากผลกระทบของเมทริกซ์ (matrix effects) นิยมนำไปใช้ในงานศึกษาการเผาผลาญ สิ่งแวดล้อม และการวิจัยเภสัชภัณฑ์ที่ต้องการการติดตามอนุพันธ์คีโตนอย่างแม่นยำ สารที่ติดฉลากนี้มีพฤติกรรมทางเคมีคล้ายกับไซโคลเพนทาโนนที่ไม่ติดฉลาก ช่วยให้การสอบเทียบและความไวในการตรวจจับมีความน่าเชื่อถือ