เบนไซดามีน-d6 ไฮโดรคลอไรด์ ถูกนำมาใช้เป็นสารมาตรฐานภายในในเคมีวิเคราะห์ โดยเฉพาะในการศึกษาด้วยสเปกโตรเมตรีมวล (mass spectrometry) และการศึกษาด้วยนิวเคลียร์แมกเนติกเรโซแนนซ์ (NMR) รูปแบบที่ถูก deuterated ช่วยให้สามารถวัดปริมาณและระบุตัวตนของเบนไซดามีนและสารเมแทบอลิไซต์ของมันในตัวอย่างทางชีวภาพ เช่น เลือด ปัสสาวะ หรือเนื้อเยื่อ ได้อย่างแม่นยำ สารนี้มีความสำคัญในงานวิจัยเภสัชจลนศาสตร์ (pharmacokinetics) และเภสัชพลศาสตร์ (pharmacodynamics) เพื่อช่วยทำความเข้าใจการดูดซึม การกระจาย การเมแทบอลิซึม และการขับถ่ายของยา นอกจากนี้ยังใช้ในกระบวนการควบคุมคุณภาพเพื่อให้แน่ใจถึงความถูกต้องและความน่าเชื่อถือของวิธีการวิเคราะห์ในการพัฒนายา