(S)-Amphetamine-D6 Hydrochloride ใช้หลักๆ ในงานวิจัยและการศึกษาทางคลินิก โดยทำหน้าที่เป็นสารมาตรฐานภายในที่ติดฉลากด้วยไอโซโทปเสถียรในเคมีวิเคราะห์ ช่วยในการวัดปริมาณและตรวจจับแอมเฟตามีนและสารที่เกี่ยวข้องอย่างแม่นยำในตัวอย่างชีวภาพ เช่น ปัสสาวะหรือเลือด โดยใช้เทคนิคเช่นสเปกโตรเมตรีมวลสาร การประยุกต์ใช้มีความสำคัญในพิษวิทยานิติวิทยาศาสตร์สำหรับการระบุการใช้ยาเสพติด และในการศึกษเภสัชจลนศาสตร์เพื่อเข้าใจการเมแทบอลิซึมและการกระจายตัวของยาในร่างกาย นอกจากนี้ยังสนับสนุนการพัฒนาวิธีการวินิจฉัยและการตรวจติดตามการรักษาในสถานพยาบาล