Trimethoprim-d3 ซึ่งเป็นรูปแบบที่ถูกแทนที่ด้วยไอโซโทปเดยูเทรียมของ trimethoprim ใช้หลักในการวิจัยและการประยุกต์ใช้ทางวิเคราะห์เป็นสารมาตรฐานภายในในสเปกโตรเมตรีมวลสาร อะตอมเดยูเทรียมทำให้สามารถแยกแยะจาก trimethoprim ที่ไม่ถูกแทนที่ได้ ช่วยให้สามารถวัดปริมาณได้อย่างแม่นยำในการศึกษเภสัชจลนศาสตร์ ช่วยในการทำความเข้าใจการเผาผลาญยาและการกระจายตัวโดยให้การวัดที่ถูกต้องในตัวอย่างทางชีวภาพ เช่น พลาสมา หรือ ปัสสาวะ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิเคราะห์สิ่งแวดล้อมเพื่อติดตามและวัดปริมาณสารตกค้างของ trimethoprim ในน้ำหรือดิน เพื่อให้สอดคล้องกับมาตรฐานทางกฎระเบียบ ความเสถียรและการติดฉลากไอโซโทปทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในเคมีวิเคราะห์สำหรับการตรวจสอบวิธีการและการควบคุมคุณภาพ