ใช้หลักๆ เป็นสารเคมีสำหรับการทำอนุพันธ์ในเคมีวิเคราะห์ โดยเฉพาะในก๊าซโครมาโทกราฟี (GC) และสเปกโทรเมตรีมวล (MS) มันนำกลุ่มอะโรมาติกที่ฟลูออรีนสูงเข้าไปในสารประกอบที่มีอะตอมไฮโดรเจนที่กระตือรือร้น เช่น แอลกอฮอล์ ฟีนอล และอะมีน เพิ่มความผันผวน ความเสถียรทางความร้อน และความไวในการตรวจจับ กลุ่มเพนตาฟลูออโรฟีนิลปรับปรุงคุณสมบัติการจับอิเล็กตรอน ทำให้อนุพันธ์ที่ได้ตรวจจับได้ง่ายโดยใช้เครื่องตรวจจับการจับอิเล็กตรอน (ECD) หรือในสเปกโทรเมตรีมวลไอออนลบเคมี (NICI) ใช้บ่อยในวิเคราะห์สิ่งแวดล้อม เมตาโบโลมิกส์ และการทดสอบสารตกค้างยาฆ่าแมลง เนื่องจากเพิ่มความเลือกและลดขีดจำกัดการตรวจจับ นอกจากนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตรพิเศษและยาที่ต้องการบล็อกตัวสร้างฟลูออรีนเพื่อปรับลิโพฟิลิกและความเสถียรทางเมแทบอลิซึม