กวานิดีนฟอสเฟตใช้หลักในสาขาชีววิทยาโมเลกุลในฐานะสารทำให้โปรตีนเสื่อมสภาพ (protein denaturant) มีประสิทธิภาพในการสลายโครงสร้างโปรตีน ทำให้มีคุณค่าในการศึกษากลไกการพับและการคลายตัวของโปรตีน นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการชำระล้างกรดนิวคลีอิก โดยช่วยในการแยกเอา DNA และ RNA ออกมาโดยการรบกวนเยื่อหุ้มเซลล์และยับยั้งเอนไซม์นิวคลีเอส ในงานวิจัยทางชีวเคมี กวานิดีนฟอสเฟตยังถูกใช้ในการเตรียมตัวอย่างสำหรับอิเล็กโทรโฟรีซิสและโครมาโทกราฟี เพื่อให้มั่นใจในการวิเคราะห์โมเลกุลชีวภาพที่ถูกต้อง คุณสมบัติแบบเคียวโทรปิก (chaotropic) ที่แรงทำให้เป็นสารเคมีสำคัญในโปรโตคอลห้องปฏิบัติการต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับการจัดการโปรตีนและกรดนิวคลีอิก