อีคิโนมัยซินใช้หลักในการวิจัยเพื่อศึกษาผลกระทบต่อ DNA โดยทำหน้าที่เป็นตัวยับยั้งที่แรงของกิจกรรม hypoxia-inducible factor-1 (HIF-1) ทำให้มีคุณค่าในการวิจัยมะเร็ง โดยการจับกับ DNA และป้องกันปัจจัยการถอดรหัสจากการเข้าถึง ทำให้ช่วยนักวิจัยเข้าใจการตอบสนองของเซลล์ต่อสภาวะออกซิเจนต่ำ ซึ่งมักพบในสภาพแวดล้อมของเนื้องอก นอกจากนี้ ยังมีการสำรวจศักยภาพในการยับยั้งการเจริญเติบโตของเซลล์มะเร็งบางชนิด โดยเฉพาะที่ดื้อยารักษาทั่วไป บทบาทในการปรับการแสดงออกของยีนภายใต้สภาวะขาดออกซิเจนยังมีส่วนช่วยในการศึกษาชีววิทยาโมเลกุลและพันธุศาสตร์