S-Acetamidomethyl-L-cysteine hydrochloride ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับสารตกค้างของ cysteine เพื่อป้องกันปฏิกิริยาข้างที่ไม่ต้องการระหว่างการก่อตัวของพันธะเปปไทด์ กลุ่ม acetamidomethyl มีความเสถียรภายใต้สภาวะกรดและเบส ทำให้เหมาะสำหรับกระบวนการสังเคราะห์ต่างๆ หลังจากประกอบสายเปปไทด์แล้ว กลุ่มป้องกันสามารถถูกนำออกภายใต้สภาวะอ่อนโยน คืนค่ากลุ่ม thiol อิสระของ cysteine สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการผลิตเปปไทด์และโปรตีนที่ซับซ้อนสำหรับการวิจัยและการประยุกต์ใช้ทางเภสัชกรรม นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยทางชีวเคมีเพื่อศึกษาการทำงานของโปรตีนและเอนไซม์ที่มีซีสเตอีนเป็นส่วนประกอบสำคัญ