ใช้เป็นสารตัวกลางหลักในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาอนุพันธ์ฟลูออรีนของโมเลกุลชีวภาพที่มีฤทธิ์ โครงสร้างไซโคลโพรเพนที่ตึงเครียดรวมกับการแทนที่ด้วยฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและมีอิทธิพลต่อลิโพฟิลิก ทำให้มีคุณค่าต่อเคมียารักษาโรคในการปรับปรุงยาที่มีศักยภาพ ใช้บ่อยในการเตรียมตัวยับยั้งโปรติเอสและสารที่มีกิจกรรมต่อระบบประสาทส่วนกลาง (CNS) ซึ่งอะตอมฟลูออรีนช่วยปรับความสัมพันธ์การจับและคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยเกษตรเคมีสำหรับออกแบบยาฆ่าแมลงใหม่ที่มีความเสถียรต่อสิ่งแวดล้อมที่ดีขึ้นและความจำเพาะต่อเป้าหมาย