ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยาที่มีฟลูออรีน โดยเฉพาะในการพัฒนาโมเลกุลชีวภาพที่มีความเสถียรทางเมแทบอลิซึมที่เพิ่มขึ้นและความสัมพันธ์ในการจับที่สูงขึ้น โครงสร้างแกนไซโคลโพรเพนพร้อมสารย่อยฟลูออรีนช่วยเพิ่มความแข็งตัวของคอนฟอร์เมชันและคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ที่ปรับปรุงในผู้สมัครยา ใช้กันทั่วไปในการเตรียมยาต้านไวรัสและยาต้านการอักเสบ ซึ่งส่วนของไดฟลูออโรไซโคลโพรเพนช่วยเพิ่มลิโพฟิลิกและการซึมผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ นอกจากนี้ยังใช้ในสารเคมีเกษตรสำหรับการออกแบบสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง เนื่องจากความสามารถในการต้านทานการย่อยสลายแบบออกซิเดชันในระบบชีวภาพ