ใช้เป็นสารตั้งต้นหลักในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในเภสัชกรรมที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง โครงสร้างบิไซคลิกที่ตึงเครียดพร้อมการแทนที่ด้วยฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการซึมผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบยา ใช้กันทั่วไปในการพัฒนาอนาล็อก GABA และสารออกฤทธิ์ทางประสาทอื่นๆ โดยที่การฟลูออรีนช่วยปรับปรุงความสัมพันธ์ในการจับและคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ นอกจากนี้ยังใช้ในเคมีเกษตรเพื่อสร้างโครงสร้างที่แข็งทื่อซึ่งต้านทานการย่อยสลาย