ใช้เป็นสารตัวกลางหลักในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายากลุ่มระบบประสาทส่วนกลาง (CNS) และยาต้านอาการซึมเศร้า โครงสร้างไซคลอพรอเพนที่แข็งทื่อรวมกับวงแหวนอะโรมาติกฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและความจำเพาะในการจับกับโมเลกุลยา ใช้บ่อยในการเตรียมอนุพันธ์กรดแกมมาอะมิโนบิวทริก (GABA) และสารประกอบชีวภาพอื่นๆ โดยที่การจำกัดโครงสร้างช่วยปรับปรุงคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ นอกจากนี้ยังใช้ในสารเคมีเกษตรเพื่อออกแบบยาฆ่าแมลงใหม่ เนื่องจากความต้านทานต่อการย่อยสลายและความสามารถในการเลียนแบบโครงสร้างชีวภาพที่ออกฤทธิ์