ไซโคลสปอริน เอช ถูกนำมาใช้หลักๆ ในงานวิจัยเพื่อศึกษากลไกการกดภูมิคุ้มกันและกระบวนการในเซลล์ มันเป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในการตรวจสอบบทบาทของไซโคลฟิลิน ซึ่งเป็นกลุ่มโปรตีนที่ทำหน้าที่สำคัญในการพับโปรตีนและการควบคุมภูมิคุ้มกัน ในงานทดลองในห้องปฏิบัติการ มักใช้เพื่อยับยั้งกิจกรรมของไซโคลฟิลิน ช่วยให้นักวิจัยเข้าใจผลกระทบต่อการกระตุ้นเซลล์ T และการตอบสนองทางภูมิคุ้มกันอื่นๆ นอกจากนี้ ไซโคลสปอริน เอช ยังถูกใช้ในงานทดลองเพื่อสำรวจผลกระทบที่อาจเกิดขึ้นต่อการจำลองเชื้อไวรัส โดยเฉพาะในการวิจัย HIV เนื่องจากการโต้ตอบกับโปรตีนในเซลล์โฮสต์ การประยุกต์ใช้ของมันจำกัดอยู่ที่การศึกษาทดลองและก่อนคลินิกเป็นหลัก ซึ่งมีส่วนช่วยในการพัฒนาวิทยาศาสตร์ด้านภูมิคุ้มกันวิทยาและไวรัสวิทยา