ไซโคลเพนทิลเมทาไมน์ ไฮโดรคลอไรด์ ถูกนำไปใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมีต่างๆ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม ซึ่งเป็นส่วนประกอบสำคัญในการผลิตยาชนิดต่างๆ เช่น ยากลุ่มต้านอาการซึมเศร้า หรือยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง นอกจากนี้ ยังอาจใช้ในการวิจัยทางเคมีเพื่อพัฒนาสารตัวใหม่ที่มีศักยภาพในการรักษาโรค หรือปรับปรุงประสิทธิภาพของยาเดิม