4-Iodocyclohexanamine hydrochloride ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมีในห้องปฏิบัติการ โดยเฉพาะในการสร้างสารประกอบอินทรีย์ที่มีโครงสร้างซับซ้อน มักถูกนำมาใช้เป็นสารตั้งต้นหรือตัวกลางในการผลิตสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาหรือสารเคมีเพื่อการวิจัย นอกจากนี้ ยังอาจถูกใช้ในการศึกษาปฏิกิริยาเคมีและกลไกการเกิดปฏิกิริยาในสาขาเคมีอินทรีย์