6-Deoxy-6-mercapto-β-cyclodextrin ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมสำหรับระบบส่งยา เนื่องจากมีความสามารถในการสร้างสารประกอบเชิงซ้อนแบบ inclusion กับยาต่างๆ ซึ่งช่วยเพิ่มการละลายและความเสถียรของยา นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนาเซ็นเซอร์ชีวภาพและนาโนวัสดุ โดยกลุ่ม thiol ช่วยในการยึดติดโมเลกุลฟังก์ชันหรือนาโนอนุภาค

นอกจากนี้ สารนี้ยังมีบทบาทสำคัญในงานด้านสิ่งแวดล้อม เช่น การกำจัดโลหะหนักออกจากน้ำเสีย โดยอาศัยความสามารถในการจับกับไอออนโลหะได้อย่างแข็งแกร่ง ในเคมีวิเคราะห์ ใช้สำหรับการแยกแบบ chiral เพื่อปรับปรุงความละเอียดของเอนานติโอเมอร์ในเทคนิคโครมาโทกราฟี คุณสมบัติที่เป็นเอกลักษณ์ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าทั้งในงานวิจัยและอุตสาหกรรม