3-Methylcyclobutanamine hydrochloride ใช้เป็นหลักในการวิจัยและพัฒนาด้านเภสัชกรรม สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลชีวภาพหลากหลาย โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีคุณค่าต่อการสร้างยาใหม่ที่มุ่งเป้าไปยังระบบประสาทส่วนกลาง ซึ่งคุณสมบัติทางโครงสร้างของมันสามารถส่งผลต่อการจับกับตัวรับและกิจกรรมทางเภสัชวิทยา นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์แบบอินทรีย์เพื่อสร้างสารประกอบที่มีโครงสร้างไซโคลบิวเทนซับซ้อน ซึ่งมีความน่าสนใจในสาขาเคมียาเนื่องจากความเครียดของวงแหวนและปฏิกิริยาที่เป็นเอกลักษณ์ รูปแบบ hydrochloride ช่วยรับประกันความเสถียรและการละลาย ทำให้เหมาะสมสำหรับการใช้งานในการทดลองและอุตสาหกรรม