ใช้เป็นตัวตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านชีวเคมีและเภสัชกรรม เนื่องจากหมู่ฟลูออรีน (Fmoc) ทำหน้าที่เป็นหมู่ป้องกันหมู่อะมิโน ซึ่งสามารถถอดออกได้ภายใต้สภาวะเบสอ่อน ทำให้เหมาะสมกับการสังเคราะห์เปปไทด์แบบแข็ง (solid-phase peptide synthesis) โดยโครงสร้างไซโคลบิวเทนช่วยเพิ่มความเสถียรและควบคุมรูปร่างของโมเลกุล ทำให้ใช้ในการออกแบบเปปไทด์ที่มีโครงสร้างเฉพาะตัว เช่น เปปไทด์ที่เลียนแบบโครงสร้างของโปรตีนหรือสารยับยั้งเอนไซม์