ไอโซนีนถูกใช้เป็นส่วนผสมหลักในอุตสาหกรรมน้ำหอม เนื่องจากมีกลิ่นหอมคล้ายดอกไม้และไม้กฤษณา ซึ่งช่วยเพิ่มความลึกและความอบอุ่นให้กับกลิ่นน้ำหอม นิยมใช้ในน้ำหอมประเภทที่มีกลิ่นแนวไม้ หรือกลิ่นดอกไม้ เช่น กลิ่นไวโอเลตและกุหลาบ นอกจากนี้ยังใช้ในผลิตภัณฑ์เครื่องสำอาง เช่น สบู่ โลชั่น และครีม เพื่อเพิ่มกลิ่นหอมที่คงทน

ในอุตสาหกรรมอาหารและเครื่องดื่ม ไอโซนีนบางชนิดใช้เป็นสารแต่งกลิ่นรส เนื่องจากสามารถให้กลิ่นผลไม้หรือกลิ่นดอกไม้อ่อนๆ ที่ช่วยเสริมรสชาติในผลิตภัณฑ์บางประเภท อย่างไรก็ตาม การใช้ในอาหารมีข้อจำกัดและต้องควบคุมปริมาณอย่างเคร่งครัด

ไอโซนีนยังมีการศึกษาในด้านการแพทย์เกี่ยวกับฤทธิ์ต้านอนุมูลอิสระ และอาจมีศักยภาพในการสนับสนุนสุขภาพเซลล์ แต่ยังอยู่ในขั้นวิจัยและไม่ได้ใช้ในทางการแพทย์โดยทั่วไป

นอกจากนี้ ไอโซนีนยังทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์วิตามินเอและสารประกอบที่เกี่ยวข้องในอุตสาหกรรมเคมี